Çavuşin'in en dikkat çekici tarihi yapılarından biri, Çavuşin Kilisesi'dir. Bu kilise, kaya içine iki katlı olarak oyulmuştur. Alt katta keşiş odaları yer alırken, üst kattaki kiliseye ulaşan doğal merdiven yıkılmış ve bugün sonradan yapılan demir merdivenler sayesinde kiliseye çıkılabilmektedir. Kilise, oldukça yüksek tek nefli, beşik tonozlu ve üç apsisli bir yapıya sahiptir. Narteks kısmı yıkılmış olsa da burada baş melek tasvirleri görülebilmektedir.
Kilise, Doğu Roma İmparatoru Nicephorus Phocas'ın Kapadokya'ya yapmış olduğu ziyaret sonrasında 964-965 yıllarında yaptırılmıştır. Kilisede, İmparator Nicephorus Phocas, karısı Teofano ve diğer aile üyeleri de resmedilmiştir.
Kilisede yer alan freskler, İncil'den sahneleri tasvir eder. İşte bazı önemli sahneler:
Interdum et malesuada fames